Instalado nas dependências da Cooper também funciona um posto do Serviço de Inspeção Federal (SIF), um órgão do Governo Federal que atua na fiscalização de alimentos de origem animal destinados ao consumo humano. Sua principal atribuição é assegurar a qualidade dos produtos que chegam à mesa do consumidor.

O trabalho da equipe do SIF começa nas fazendas, com a fiscalização das propriedades. Na usina da Cooper, todo leite que chega sofre uma triagem pelos agentes da Inspeção antes de ser liberado para industrialização. Os exames determinam possíveis contaminações ou fraudes no produto, o que assegura a qualidade da matéria-prima.

Os agentes do SIF também acompanham o processo de beneficiamento do leite e da fabricação dos derivados lácteos, para certificação das perfeitas condições de consumo.

Todas as indústrias de laticínios têm que ser fiscalizadas por serviços de inspeção, que podem ser municipais, estaduais ou federal, de acordo com a área de comercialização da empresa. Como passa por inspeção federal, a Cooper tem autorização para atender os mercados nacional e internacional.