Através do Departamento de Assistência Veterinária a Cooperativa também realiza campanhas de vacinação dos bovinos, em cumprimento às exigências sanitárias estaduais e federais.

Uma das campanhas mais importantes é a de prevenção contra a febre aftosa, doença que o Brasil visa erradicar.

Nos meses de maio e novembro, todos os anos, os rebanhos dos associados são devidamente imunizados contra a doença, ajudando o país a livrar-se do fantasma da aftosa e a conquistar espaço no mercado internacional. Todos os produtores associados são obrigados a vacinar os animais, sob pena de ter o seu produto recusado pela Cooperativa.

Os departamentos de Assistência Veterinária e Agronomia da Cooper existem desde os primórdios da entidade. Ao longo de quase sete décadas de existência, eles foram ampliando e especializando o leque de profissionais prestadores de serviços.